En el campo de la ciencia y tecnología de los alimentos en el CEBAS-CSIC la actividad está orientada hacia el estudio de alimentos de origen vegetal clave en la industria agroalimentaria regional. Esta investigación se estructura en torno a dos pilares fundamentales:
- Bioactividad de alimentos de origen vegetal.
- Calidad y seguridad de frutas y hortalizas.

El trabajo en conservación de recursos naturales del CEBAS-CSIC se enfoca hacia el estudio de los procesos de degradación y recuperación de suelos para contribuir al mantenimiento de este recurso amenazado en el sureste español y ayudar a paliar los efectos del cambio climático, para ello se desarrolla investigación desde tres enfoques complementarios:
- Enzimología y biorremediación de suelos y residuos orgánicos.
- Sostenibilidad de sistemas suelo planta.
- Erosión y conservación de suelos.

Toda la actividad investigadora que se desarrolla en el CEBAS-CSIC se sustenta en conocimientos e investigación fundamental pero con una clara orientación hacia su aplicación práctica. Para facilitar el aprovechamiento de estos conocimientos por parte de los sectores productivos cuenta con su Oficina de Transferencia de Tecnología (OTT) cuya misión es promover, coordinar y gestionar las relaciones entre los grupos de investigación del CEBAS-CSIC y las empresas.