Para el desarrollo de su actividad científica el CEBAS-CSIC cuenta con equipamientos e infraestructuras clave. Para ello sus instalaciones están dotadas de laboratorios y equipos de instrumentación para análisis de alimentos, material vegetal, suelo y agua. Asimismo, dispone de una serie de equipos, instalaciones experimentales y plantas piloto para estudios especializados entre los que destacan:

- Cámaras de crecimiento controlado de plantas.
- Cámaras para cultivo in vitro.
- Laboratorio de ionómica equipado con ICP óptico y detector de iones.
- Finca experimental de 30 ha.
- Invernaderos inteligentes.
- Invernadero de confinamiento.
- Equipos de agricultura de precisión.
- Planta piloto de compostaje de residuos.
- Plantas piloto de atmósferas controladas y preparación de productos de IV gama.
- Equipo para ozonización de alimentos.
- Cámaras de conservación en frío.
- Estación experimental de campo para medición automática de parámetros hidrológicos, climatológicos y eventos erosivos.