INTRODUCCIÓN

El microbioma del suelo está involucrado en multitud de funciones y servicios ecosistémicos, siendo en gran parte responsable de la fertilidad y salud del suelo. Este servicio ofrece diversas aproximaciones para evaluar la biomasa, funcionalidad y diversidad del microbioma del suelo mediante procedimientos estandarizados y bien referenciados en la literatura científica. El servicio ofrece las siguientes prestaciones:

- Análisis de biomasa microbiana mediante extracción y cuantificación de ácidos grasos (EL-FAMES, PLFAs y NLFAs) mediante cromatografía de gases,
- Análisis de actividades enzimáticas (ureasa, fosfatasa alcalina, beta-glucosidasa, deshidrogenasa, polifenoloxidasa, peroxidasa, glicina-aminopeptidasa) mediante espectrofotometría;
- Respiración del suelo
- Extracción de ADN y cuantificación de genes funcionales mediante qPCR. Este servicio ofrece el análisis de los genes funcionales phoD, phoX, gcd y pqqC relacionados con el ciclo del fósforo y de los genes nifH, amoA bacteria, amoA archaea y nirS relacionados con el ciclo del nitrógeno.
- Metabarcoding: secuenciación masiva de amplicones para el analisis de la diversidad y la composición de comunidades procariotas y fúngicas. Se ofrece el análisis mediate secuenciación masiva de amplicones del gen ribosómico 16S para el estudio de las comunidades procariotas y de la región ITS2 para el estudio de la comunidad fúngica

CONDICIONES DEL SERVICIO

- Análisis de actividades enzimáticas del suelo.
Requisitos de muestra: 5 gramos de suelo tamizado (<2 mm) por cada enzima, en tubos falcon y almacenado a 4 °C. Los tubos deben ir identificados con numeración correlativa.

-Determinación de la respiración del suelo.
 Requisitos de muestra: 50 gramos de suelo tamizado (<2 mm) en tubos falcon y almacenado a 4 °C. Las muestras deben ir identificadas con numeración correlativa.

-Extracción y cuantificación de ADN y cuantificación de genes funcionales mediante qPCR. Esta prestación ofrece la extracción del ADN del suleo y el análisis de los genes funcionales phoD, phoX, gcd y pqqC relacionados con el ciclo del fósforo y de los genes nifH, amoA bacteria, amoA archaea y nirS relacionados con el ciclo del nitrógeno. Se ofrece una cuantificación del número de copias del gen a analizar por gramo de suelo. Este servicio deber ser contratado junto con la extracción y cuantificación (mediante fluorometría) de ADN de suelo. Requisitos de muestra: 3 g de suelo tamizado (<2 mm)  (un ependorf de 2 ml lleno), identificados con numeración correlativa y conservados a -20 ºC.

- Metabarcoding. Este servicio ofrece el análisis mediate secuenciación masiva de amplicones del gen 16S rRNA para el estudio de las comunidades procariotas y de la región ITS2 para el estudio de la comunidad fúngica. Este servicio puede ser contratado junto con la extracción de ADN de suelo o independientemente si el cliente nos hace llegar el ADN ya extraído y cuantificado. El informe final incluirá índices de diversidad (riqueza, Chao, etc.), composición de la comunidad microbiana a distintos niveles taxonómicos y análisis multivariante y estadístico de cambios en la estructura de la comunidad. Además, se entregará tabla de ASVs/OTUs junto con su clasificación taxonómica. Requisitos de muestra: en caso de enviar el ADN extraído (esto es, no se contrata el servicio de extracción y cuantificación), se enviará el ADN junto con su cuantificación para su posterior normalización. Por cada muestra, se requieren 50 microlitros de ADN con una concentración mínima de 15 ng/microlitro.

-Determinación de biomasa microbiana mediante ácidos grasos (EL-FAMES, PLFAs y NLFAs): Requisitos de la muestra: 15 gramos de suelo tamizado (<2 mm) en tubos falcon numerados correlativamente y almacenado a -20 ºC.

Ésteres Metílicos de Ácidos Grasos (FAMEs)

Este análisis permite cuantificar la biomasa microbiana total (bacterias y hongos) en el suelo mediante la extracción de los ácidos grasos y su posterior identificación y cuantificación mediante cromatografía de gases con detector de ionización de llama (GC-FID).

Fosfolípidos de Ácidos Grasos (PLFAs)
Este servicio analiza exclusivamente la fracción de biomasa microbiana viva (bacterias y hongos), diferenciándola de otras fracciones del suelo. Se basa en la extracción y separación de los fosfolípidos de los ácidos grasos, seguida de su identificación y cuantificación mediante GC-FID.

Ácidos Grasos Neutros (NLFAs)
Este análisis está enfocado en la detección de micorrizas arbusculares en el suelo. Se basa en la extracción y separación de la fracción neutra de los ácidos grasos, identificando y cuantificando el biomarcador c16:1ω5c mediante GC-FID.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

CONTACTO

Felipe Bastida. investigador Científico. fbastida@cebas.csic.es

CENTRO DE EDAFOLOGÍA Y BIOLOGÍA APLICADA DEL SEGURA-CSIC
SERVICIO DE IONÓMICA
Campus Universitario, 25. Espinardo - 30100. Murcia. España
biodiversidad@cebas.csic.es / 968 39 62 00. Ext. 445480 - 445481

 

TARIFAS SERVICIO DE BIODIVERSIDAD MICOBIANA DEL SUELO 2025
	CEBAS	Centros CSIC	OOPP	Otros
Biomasa microbiana
EL-FAMES	25.31	29.69	52.30	57.28
PLFA	33.56	39.37	71.97	78.76
NLFA	33.56	39.37	71.97	78.76
Actividades enzimáticas (precio por actividad)	15.64	18.35	30.91	33.86
Respiración	9.72	11.40	20.35	22.29
Extracción y cuantificación de DNA	25.89	30.37	50.08	54.86
Cuantificación de genes funcionales mediante qPCR	5.28	6.19	13.92	15.25
Metabarcoding (composición y diversidad)	47.97	56.27	96.08	105.22